या योजनेत कृषी विभागामार्फत सर्वाधिक कामे आणि सर्वाधिक गैरकारभार झाल्याचा आरोप भारतीय जनसंसदने एप्रिल २०१६ मध्ये केला होता. अनेक वर्षांच्या पाठपुराव्यानंतर ३ मार्च २०२१ रोजी जलयुक्त शिवार अभियानाच्या गैरकारभाराची चौकशी करण्यासाठी अहमदनगर येथे समिती आली होती. भारतीय जनसंसदेने समितीला कागदोपत्रांसह हा घोटाळा सिद्ध करून दिला.
ज्या गावांमध्ये जलयुक्त शिवार अभियान राबविण्यात आले, त्या सुमारे २०० गावांमध्ये फेब्रुवारी २०१९ मध्ये टँकरद्वारे पिण्याचे पाणी पुरवावे लागले. त्यामुळे ही योजना सपशेल फेल झाल्याची टीका सुधीर भद्रे यांनी केली. सहा महिन्यांपेक्षा जास्त कालावधी होऊनही अद्याप चौकशी समितीने तक्रारदारांना त्यांच्या तक्रारीचे नेमके काय झाले? याची कसलीही माहिती दिलेली नाही. ही बाब संभ्रम निर्माण करणारी आहे. चौकशी समितीने तातडीने ठेकेदार आणि अधिकारी-कर्मचारी यांच्यावर कठोर कारवाई होण्यासाठी जलयुक्त शिवार अभियानाची प्रत्येक गाव आणि प्रत्येक कामनिहाय पुस्तिका तयार करून जनतेसमोर मांडावी. म्हणजे नेमकी कामे केली किती? आज अस्तित्वात आहेत किती आणि त्या कामांचा टंचाईमुक्त महाराष्ट्र होण्यासाठी उपयोग झाला किती? हे समजण्यास मदत होईल, अशी मागणी भारतीय जनसंसदचे ज्येष्ठ विधिज्ञ कारभारी गवळी, अशोक सब्बन, अशोक ढगे, कैलास पठारे, अशोक डाके, सुनील टाक व जिल्हाध्यक्ष सुधीर भद्रे यांनी केली आहे.