डॉ. दाभोलकर यांची पुण्यातील ओंकारेश्वर मंदिराजवळील महर्षी विठ्ठल रामजी शिंदे पुलावर २० ऑगस्ट २०१३ रोजी सकाळी गोळ्या झाडून हत्या करण्यात आली. डॉ. दाभोलकर हत्या प्रकरणाचे धागेदोरे मिळणे पोलिसांना जिकिरीचे झाले होते. पुणे पोलिसांनी सर्व शक्यता गृहित धरून तपास केला. मात्र, पुणे पोलिसांच्या हाती ठोस काही लागले नव्हते. वर्षभरानंतरही मारेकरी न सापडल्याने पत्रकार केतन तिरोडकर यांनी संबंधित तपास केंद्रीय गुन्हे अन्वेषण विभागाकडे सोपविण्याची मागणी न्यायालयात दाखल केलेल्या जनहित याचिकेद्वारे केली होती.
दरम्यान, बेंगळुरूमध्ये पत्रकार गौरी लंकेश यांच्या हत्येप्रकरणात कर्नाटकातील दहशतवादविरोधी पथकाने (एटीएस) पुण्यातील चिंचवड परिसरातून अमोल काळे याला ताब्यात घेतले. काळे सनातन संस्थेशी संबंधित आहे. त्याच्याकडून नालासोपारा येथील वैभव राऊतची माहिती मिळाली. त्यानंतर पोलिसांच्या पथकाने त्याच्या घरातून शस्त्रे आणि स्फोटकांचा साठा जप्त केला. त्याच्याकडून मिळालेल्या माहितीच्या आधारे पोलिसांनी शरद कळसकरला ताब्यात घेतले. कळसकरने सचिन अंदुरेच्या मदतीने डॉ. दाभोलकर यांचा खून केल्याची कबुली दिली. विशेष न्यायालयाचे न्यायाधीश एस. आर. नावंदर यांच्या न्यायालयात १५ सप्टेंबर २०२१ रोजी सुनावणी सुरू झाली. हत्या प्रकरणाचा तपास सुरुवातीला पुणे शहर पोलिसांसह दहशतवादविरोधी पथकाने (एटीएस) केला. त्यानंतर केंद्रीय गुन्हे अन्वेषण विभागाकडे (सीबीआय) तपास सोपविण्यात आला.
डॉ. तावडेला पनवेलमधील सनातन संस्थेच्या आश्रमातून अटक करण्यात आली. विक्रम भावे याने डॉ. दाभोलकर यांच्या हत्येपूर्वी घटनास्थळाची पाहणी केल्याचा आरोप ठेवण्यात आला आहे. ॲड. पुनाळेकर यांनी डाॅ. दाभोलकर यांच्यावर गोळ्या झाडणारे आरोपी सचिन अंदुरे, शरद कळसकर यांना पिस्तूल खाडीत फेकून नष्ट करण्याचा सल्ला दिला होता, असे आरोपपत्रामध्ये नमूद करण्यात आले होते.