जनता दल सेक्यूलर म्हणजेच जेडीएसवर देखील शिवसेना, राष्ट्रवादीसारखी पक्षफुटीची वेळ आली आहे. फक्त फरक एवढाच आहे की, शिवसेना, राष्ट्रवादीचे वेगळे झालेले गट भाजपासोबत गेले आहेत, तर जेडीएस अख्खाच भाजपासोबत गेलेला असला तरी केरळमधील पक्षाने भाजपासोबत जाण्यास स्पष्ट नकार दिला आहे. यामुळे कुमारस्वामी आणि माजी पंतप्रधान देवेगौडा यांना धक्का बसला आहे.
केरळमधील जेडीएसने रालोआसोबत जाण्यास नकार दिला आहे. आम्ही डाव्यांसोबत असणार आहोत, असे जेडीएस नेत्यांनी म्हटले आहे. राज्याच्या समितीच्या बैठकीनंतर जेडीएसचे प्रदेशाध्यक्ष मैथ्यू टी थॉमस यांनी कुमारस्वामी आणि देवेगौडांवर आरोप केले आहेत. नेतृत्वाने पक्षाच्या कोणत्याही पातळीवर चर्चा न करताच भाजपासोबत जाण्याची घोषणा केली आहे. आमचा सीपीआयएमच्या नेतृत्वात गेल्या ४० वर्षांपासून संबंध आहेत, ते सुरुच राहणार असल्याचे थॉमस म्हणाले.
एचडी देवेगौडा यांच्या नेतृत्वातील जेडीएसने सप्टेंबरमध्ये एनडीएमध्ये सहभागी होण्याची घोषणआ केली होती. तसेच लोकसभा निवडणुकीत भाजपासोबत निवडणूक लढण्याचा निर्णय घेतला होता. थॉमस यांनी देवेगौडांची ही घोषणा धुडकावून लावली आहे. त्यांनी आमच्याशी कोणतीही चर्चा केली नसल्याचे म्हटलेआहे. तसेच भाजपशी हातमिळवणी करण्याची घोषणा संघटनात्मक धोरणाच्या विरोधात होती. आमचे केरळ युनिट याला अनुकूल नाही, असे थॉमस यांनी म्हटले आहे.
केरळमधील सत्ताधारी सीपीआय(एम)ने जेडी(एस) ला आपला मित्रपक्ष म्हणून कायम ठेवल्याबद्दल काँग्रेसने टीका केल्यानंतर हे स्पष्टीकरण आले आहे. जेडीएसला राजकीय आश्रय देत असल्याचा आरोप काँग्रेसने केला होता.