ठाणे शहराला दीड-दोन हजार वर्षांचा इतिहास आहे. हे शहर जसे तलावांसाठी ओळखले जाते, तसे प्राचीन मंदिरांसाठीदेखील ओळखले जाते. पोर्तुगीजांनी ठाण्यावर ताबा मिळवल्यानंतर इथल्या प्राचीन मंदिरांचा विध्वंस केला आणि ठाण्याची शिल्पांनी नटलेली मंदिरे नष्ट झाली. पुढे मराठ्यांनी ठाणे जिंकले आणि ठाण्यातील मंदिरांना अभय मिळाले. अशाच आक्रमणातून स्वतःचे अस्तित्त्व अबाधित ठेवलेले २०५ वर्ष जुने विठ्ठल मंदिर अनेक ठाणेकरांनाही माहीत नाही. मूळचे ठाणेकर असलेले मकरंद जोशी या मंदिराची सविस्तर माहिती देतात-
ठाण्याच्या पश्चिमेला स्टेशनलगत मोठा बाजार भरतो. हा परिसर विविध दुकानांनी आणि गर्दीने दिवसभर गजबजलेला असतो. याच गर्दीत हे प्राचीन विठ्ठल मंदिर गुडूप झाल्याने लोकांच्या पटकन लक्षात येत नाही. मात्र तिथे नेहमी जाणारे भाविक गर्दी लोटून विठोबा-रखुमाईची नित्याने भेट घेतात.
सन १७४८ मध्ये हे मंदिर पंडित नावाच्या पुरोहितांकडे सोपवण्यात आले. पुढे सन १८१७-१८मध्ये पंडितांच्या यजमानांनी ठाणे शहरात मध्यवस्तीत एक मोठे देवालय बांधले.या नव्या मंदिरात मुख्य मुर्ती विठ्ठल-रखुमाईच्या बसवण्यात आल्या.त्याबरोबरच श्रीरामेश्वर लिंग आणि श्री गणपतीची स्थापना करण्यात आली.यावेळी पंडित घराण्यातील विश्वनाथ विनायक पंडित हे उपाध्ये होते त्यांनी नाशिक,त्र्यंबक,वाई या क्षेत्रांतील शुक्लयजुर्वेदिय ब्राह्मणांना निमंत्रित करुन या मूर्तींची प्राणप्रतिष्ठा केली. पंडित घराणे या मंदिराचे कायदेशीर विश्वस्त बनले. वंशपरंपरेने पंडित कुटुंबीय या मंदिराची देखभाल करत आहेत. आता यतीन अच्युत पंडीत या मंदिराचे व्यवस्थापन बघतात. २०१६ मध्ये मंदिराचे पुनर्निर्माण करण्यात आले त्यावेळी मूळच्या मूर्तींमध्ये श्री सप्तश्रृंगी देवीच्या मूर्तीची भर घालण्यात आली आहे.
आजपर्यंत या विठ्ठल मंदिरात मामासाहेब दांडेकर, जेजूरकर महाराज यांच्यासारख्या महाराष्ट्रातील अनेक नामवंत किर्तनकारांनी किर्तन सेवा दिली आहे.तसेच दरवर्षी महिला विशेष किर्तन सप्ताहाचेही आयोजन केले जाते.त्याचप्रमाणे भागवतसप्ताह,गीता सप्ताह,अखंड हरिनाम सप्ताह असे विविध सप्ताह आयोजित केले जातात.दरवर्षी या मंदिरात साजरा होणारा आषाढी एकादशीचा सोहोळा ठाणे आणि परिसरातील वारकरी संप्रदायिकांचे आकर्षण असतो.