२००८ च्या मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणात एनआयए न्यायालयाने निर्दोष मुक्त केल्यानंतर प्रज्ञा सिंह ठाकूर रविवारी पहिल्यांदाच मध्य प्रदेशातील भोपाळ येथील त्यांच्या निवासस्थानी पोहोचल्या. यावेळी त्यांनी गंभीर आरोप केले . 'पंतप्रधान मोदी, मुख्यमंत्री योगी आणि मोहन भागवत यांच्यासह अनेक मोठ्या लोकांची नावे घेण्यास भाग पाडण्यात आले', असा आरोप सिंह यांनी केला.
भोपाळमध्ये माध्यमांशी बोलताना प्रज्ञा ठाकूर सिंह म्हणाल्या, "मी आधीही सांगितले आहे की त्यांनी मला मोठ्या नेत्यांची नावे घेण्यास भाग पाडले. मी ती नावे घेतली नाहीत; मी त्यांना जे हवे होते ते केले नाही. मी दबावाखाली आलो नाही आणि मी कोणाचेही नाव घेतले नाही, कोणालाही खोटे आरोप केले नाहीत. म्हणून, त्यांनी मला त्रास दिला. त्या नावांमध्ये विशेषतः मोहन भागवत, राम माधव, पंतप्रधान मोदी, योगी आदित्यनाथ, इंद्रेश कुमार आणि इतर नेते होते, असा गौप्यस्फोट त्यांनी केला.
प्रज्ञा ठाकूर सिंह म्हणाल्या, "मी वारंवार सांगितले आहे की परमबीर सिंग हे एक अमानवी व्यक्ती आहेत कारण त्यांनी प्रत्येक मर्यादा ओलांडली आहे, प्रत्येक कायदा मोडला आहे आणि कायद्याच्या पलीकडे मला छळले आहे. केवळ परमबीर सिंगच नाही तर सर्व एटीएस अधिकाऱ्यांनी मला छळले आहे. मला १३ दिवस बेकायदेशीरपणे आणि ११ दिवस पोलिस कोठडीत ठेवण्यात आले. अशा प्रकारे, मी २४ दिवस पोलिस कोठडीत होते आणि एटीएसच्या हातून छळ सहन केला."
भगवा दहशतवाद म्हटले त्यांना योग्य उत्तर मिळाले
"ज्यांनी याला भगवा दहशतवाद म्हटले त्यांना लाज वाटली आहे. समाज आणि देशाने त्यांना योग्य उत्तर दिले आहे. न्यायालयाचा निर्णय अगदी स्पष्ट आहे. ज्यांनी याला 'भगवा दहशतवाद' म्हटले त्यांच्या तोंडावर हा एक चपराक आहे. त्यांनी यापूर्वीही याला 'भगवा दहशतवाद' आणि 'हिंदू दहशतवाद' म्हटले आहे. महाराष्ट्रातील पृथ्वीराज चव्हाण यांनी 'सनातन दहशतवाद', 'हिंदुत्व दहशतवाद' याबद्दल बोलले आहे. ते एकाच श्रेणीतील लोक आहेत",असा आरोपही सिंह यांनी केला.