हैदराबाद येथे पोलिसांच्या सहा पथकाने पाच दिवस सर्च ऑपरेशन राबवून बोठेचा ठावठिकाणा शोधला. कर्जत पोलीस ठाण्याचे निरीक्षक चंद्रशेखर यादव यांच्यासह पथकाने अखेर त्याला पकडले. शनिवारी सकाळी साडेसात वाजण्याच्या सुमारास बोठे याला एका वाहनात बसवून पोलीस नगरच्या दिशेने रवाना झाले. यावेळी पोलिसांची इतर दोन वाहने सोबत होती. बोठेला अटक केल्यानंतर तो सतत पोलिसांकडे तब्येत बरी नसल्याच्या तक्रारी करू लागला, बडबड करू लागला. शेवटी पोलिसांनी त्याची सोलापूर येथील एका हाॅस्पिटलमध्ये तपासणी करून घेतली. त्यानंतर त्याला पारनेर पोलीस ठाण्यात आणण्यात आले.
दरम्यान, बोठे हा हैदराबाद येथे असताना त्याने तेथील आयुक्त कार्यालयात जाऊन केवळ प्रवेश नोंद केली होती. तेथे तो कुणालाही भेटला नाही. तेथे गेल्याचे भासवून आपण फरार नसून कायदेशीर बाबींसाठी प्रयत्न करीत असल्याचे दाखविण्यासाठी त्याचा हा प्रयत्न असावा, असा संशय पोलीस अधीक्षक पाटील यांनी पत्रकारांशी बोलताना व्यक्त केला. हैदराबाद येथे तेलुगू भाषा बोलली जाते. त्यामुळे पोलिसांनी द्विभाषकाची मदत घेत बोठे याचा तेथे पाच दिवस शोध घेतला.