त्यांना काही दिवसांपूर्वी अर्धांगवायूचा झटका आला होता. त्या आजारातून ते सावरलेदेखील होते. मात्र, शनिवारी अचानकपणे त्यांची प्रकृती खालावल्याने येथील खासगी रुग्णालयात दाखल करण्यात आले होते. उपचारादरम्यान त्यांची प्राणज्योत मालवली.
पांडुरंग पाटील खेडेकर हे अण्णा म्हणून सर्वत्र परिचित होते. मूळगाव अंत्री खेडेकरचे सरपंचपद ते जिल्हा परिषदेचे उपाध्यक्षपद तसेच चिखली बाजार समितीचे उपसभापती तसेच ग्रामसेवा सहकारी सोसायटीचे अध्यक्षपद आदी राजकीय पदे त्यांनी यशस्वीपणे भूषविली आहेत. जि.प. उपध्यक्षपदाच्या कार्यकाळात ग्रामीण विकासाला त्यांनी चालना दिली होती. त्यांच्या पश्चात पत्नी उषाबाई, चिखली बाजार समितीचे माजी संचालक मनोज खेडेकर आणि अमोल ही दोन मुले, मुलगी प्रा. डॉ. मंगल कुटे, सुना, नातवंडे व मोठा आप्त परिवार आहे. शिवसेना तालुकाप्रमुख कपिल खेडेकर यांचे ते काका होत. 'ग्रामीण राजकारणाचे विद्यापीठ पांडुरंगअण्णा कायम स्मरणात राहाल' या शब्दांत अन्न व औषधी प्रशासनमंत्री तथा जिल्ह्याचे पालकमंत्री ना. डॉ. राजेंद्र शिंगणे यांनी पांडुरंग खेडेकर यांच्या निधनाबद्दल शोक व्यक्त केला आहे.